Los orígenes del acuario se remontan a 1903, cuando la Asociación de Biología Marina de San Diego abrió su primer pequeño acuario; esa organización se convirtió más tarde en el Instituto Scripps de Oceanografía de la UC San Diego, y el acuario creció hasta convertirse en su centro de difusión pública. El edificio actual, de 64,157 pies cuadrados, situado en lo alto de una colina sobre La Jolla Shores, abrió en 1992, financiado en parte por una donación de 6 millones de dólares de la Fundación Stephen and Mary Birch.
En su interior, más de 175,000 galones de agua de mar llenan exhibiciones que incluyen un hábitat de bosque de kelp de unos 70,000 galones, pozas de marea interactivas y exhibiciones de caballitos de mar y dragones de mar foliados y con hierbas, criados como parte de un trabajo de conservación en curso. Como el acuario se encuentra justo encima de la institución de investigación que aporta gran parte de lo que exhibe, sus muestras suelen conectarse con la ciencia oceánica real y actual en lugar de ser solo entretenimiento, lo que puede convertirlo en una parada gratificante para familias curiosas sobre la biología marina.
Entrada La entrada tiene costo para todos los visitantes; el sitio oficial ofrece boletos de horario anticipado, recomendables los fines de semana.
Cómo llegar Las rutas de autobús de MTS dan servicio a La Jolla, y el acuario cuenta con su propio estacionamiento en su campus en lo alto de la colina sobre La Jolla Shores.