連邦刑務所になる前、アルカトラズ島は長らく米軍施設として使われていた。1850年代に要塞化工事が始まり、南北戦争時には南部連合支持者を収容する軍用刑務所として使われた。1933年に司法省が施設を引き継ぎ、翌年連邦刑務所に指定した。これは他の連邦刑務所で問題を起こした受刑者を収容する目的で、アル・カポネや「アルカトラズの鳥人」と呼ばれたロバート・ストラウド、ジョージ・マシンガン・ケリーらがここに収監された。
刑務所が運営された29年間で、36人の受刑者が14回の脱獄を試みたが、公式に成功が確認された例はなく、1963年に刑務所は閉鎖された。1969年から1971年にかけて、アメリカ先住民の活動家たちが教育・文化施設を求めて2年近く島を占拠し、この抗議運動は後に連邦政府がインディアン終結政策を廃止する決定に影響を与えた。
1972年以降、国立公園局がゴールデンゲート国立レクリエーションエリアの一部としてこの島を管理しており、フィッシャーマンズ・ワーフ近くのピア33から出るフェリーでしか行くことができない。フェリーもツアーも事前予約が必要なため、家族連れにとっては思いつきで訪れるより計画を立てて臨むべき数少ない観光地のひとつである。
入場料 フェリーと島内ツアーのチケットは全員必要で、公式サイトまたは正規の販売業者を通じて事前に予約しなければならない。
行き方 フェリーはフィッシャーマンズ・ワーフ近くのピア33アルカトラズ・ランディングから出発し、この停留所はFマーケット路面電車や近くのMuni・BARTの接続で利用できる。