1948년 설립된 이 박물관의 중심은 1863년산 철제 범선 '스타 오브 인디아'로, 박물관 측은 이를 세계에서 지금도 정기적으로 항해하는 가장 오래된 배이자 아직 떠 있는 가장 오래된 철제 상선이라고 설명한다. 그 옆에는 지금은 박물관 도서관과 연구 기록보관소로 쓰이는 1898년산 페리선 '버클리', 제1·2차 세계대전에 모두 참전한 1904년산 증기 요트 '메디아', 냉전 시대 잠수함 'USS 돌핀'이 있다.
선단에는 잘 알려진 복제선 두 척도 있는데, 영화 《마스터 앤드 커맨더》와 《캐리비안의 해적》에 등장한 1970년산 프리깃함 복제선 'HMS 서프라이즈'와, 1542년 후안 로드리게스 카브리요가 샌디에이고 만에 몰고 들어온 배를 재현해 2015년 진수한 갈레온 복제선 '산 살바도르'다. 이 사건은 만 건너편 카브리요 국립기념물에서도 기린다. 대부분 선박에 직접 올라 걸어 다닐 수 있어, 전시 설명문을 읽기보다 실제 배를 보고 만지는 쪽을 좋아하는 방문객에게 잘 맞는 편이다.
입장 입장료는 유료이며 같은 티켓으로 선단 대부분에 승선할 수 있고, 일부 선박의 특별 관람은 공식 사이트 기준 추가 요금이 붙을 수 있다.
가는 길 샌디에이고 트롤리 카운티 센터/리틀 이탈리아역에서 박물관 선박이 정박한 엠바카데로 해안까지 걸어서 갈 수 있다.