이 아쿠아리움의 뿌리는 1903년 '샌디에이고 해양생물학협회'가 처음으로 작은 수족관을 연 것으로 거슬러 올라간다. 이 단체는 훗날 UC 샌디에이고 산하 스크립스 해양연구소가 됐고, 수족관은 그 대중 소통 공간으로 성장했다. 라호야 쇼어스 위 언덕 부지에 있는 지금의 6만 4,157제곱피트 규모 건물은 1992년 문을 열었으며, 스티븐 앤드 메리 버치 재단의 600만 달러 기부가 건립 자금의 일부가 됐다.
내부에는 약 26만 5,000리터 규모 켈프 숲 서식지를 포함해 17만 5,000리터가 넘는 바닷물이 여러 전시 수조를 채우고 있으며, 직접 만져볼 수 있는 조수 웅덩이, 그리고 진행 중인 보전 사업의 일환으로 번식시킨 해마·리피시드래곤·위디시드래곤 전시도 있다. 아쿠아리움이 전시물 상당수를 제공하는 연구기관 바로 위에 있어, 단순 오락보다는 실제 최신 해양 과학과 이어지는 경우가 많아 해양생물학에 관심 있는 가족에게 볼거리가 많은 방문지다.
입장 모든 방문객은 유료로 입장하며, 공식 사이트에서 시간대 지정 사전 티켓을 판매하니 주말에는 미리 예약하는 것이 좋다.
가는 길 MTS 버스 노선이 라호야까지 운행하며, 아쿠아리움은 라호야 쇼어스 위 언덕 캠퍼스에 자체 주차장을 갖추고 있다.