1874년 '샌디에이고 자연사협회'로 설립된 이 박물관은 남캘리포니아에서 가장 오래된 과학 기관이자 미시시피강 서쪽에서는 두 번째로 오래된 과학 기관이다. 발보아 파크 안 지금의 건물은 1933년 문을 열었고, 2001년 대규모 증축으로 건물 규모가 두 배 넘게 늘면서 포스트모던 양식 외관과 유리 아트리움이 더해졌다.
박물관의 연구 소장품에는 수십만 점의 곤충·파충류 표본과 수백만 점의 해양 무척추동물, 이 지역의 선사시대를 다루는 오랜 전시 '화석의 신비'와 연결된 방대한 화석 자료가 포함돼 있다. 2025년 새로 문을 연 고생물학 센터는 세계 전반이 아니라 캘리포니아와 바하칼리포니아라는 특정 지역의 자연사를 기록한다는 박물관 본래의 초점을 이어간다.
전시가 이 특정한 국경을 넘나드는 지역의 식물·동물·지질에 초점을 맞추고 있어서, 이제 막 도착해 근처 사막이나 해안, 산을 직접 둘러볼 기회가 아직 없었던 가족에게는 이 지역 풍경을 처음 접하는 입문 코스로도 쓸 수 있다.
입장 모든 방문객은 유료로 입장하며, 카운티 주민을 위한 현재 할인 여부는 공식 사이트에서 확인할 수 있다.
가는 길 지역 MTS 버스 노선이 발보아 파크로 바로 이어지며, 트롤리 시티 칼리지역에서 버스로 환승해 공원까지 갈 수 있다.